Il Palazzo Malatestiano sorse per volere di Galeotto I Malatesta dopo il 1357; la parte più recente fatta erigere da Pandolfo III Malatesta, tra il 1413 e il 1421, ospita:
- la Pinacoteca
- il Museo Civico Archeologico
Pinacoteca Civica
Fu istituita assieme al Museo Archeologico nel 1898 e rappresenta una delle più pregevoli raccolte di dipinti delle Marche. Espone opere di scuola locale ma anche veneta, bolognese e romana. Testimonia l'excursus della pittura in Fano e nelle Marche dal XIV secolo ai giorni nostri, evidenziando i contatti che tale terra ebbe con le più diverse correnti artistiche. Il nucleo originario della Pinacoteca è costituito dalle opere provenienti dagli edifici delle Congregazioni religiose soppresse con il decreto Valerio nel 1867, cui si aggiunsero nel tempo lasciti e donazioni quali la raccolta del collezionista Antonelli e il lascito Vici Martelli. L'ordinamento delle opere risponde prevalentemente al criterio cronologico. Il percorso inizia dalla Sala del caminetto, al primo piano, e termina con la Sala del XIX e XX secolo.
Museo Civico Archeologico
La sezione archeologica è articolata in sei sale distribuite al piano terreno (Sala della Preistoria e della Protostoria, Sala degli Arredi, Sala delle iscrizioni e della statuaria romana, Sala della Fortuna, Sala dei cippi e delle anfore, Sala del Nettuno) e nel sottoportico.
La sezione accoglie reperti preistorici, protostorici e romani provenienti dalle collezioni private, dal mercato antiquario, da rinvenimenti casuali e da scavi effettuati sia internamente sia esternamente del perimetro di Fanum Fortunae.
