I primi Francescani si stabilirono a Falerone a metà del XIII secolo, fondando un loro monastero sul colle del Cimitero costruendo la loro Chiesa dedicata al patrono del Paese (da qui la denominazione del luogo: colle San Fortunato).
Solo nel 1292 i Francescani si inurbarono dentro le mure trasferendosi presso la Chiesa di Santa Maria ribattezzandola nel 1352 Chiesa di San Fortunato, anche se ancora oggi i faleronesi la chiamano di San Francesco.
È della stessa epoca la costruzione del monastero annesso.
La Chiesa sul colle rimase tale finché non venne abbattuta per l'erezione della cappella del Cimitero;
