La tradizione fa risalire la data della consacrazione dell'abbazia al 14 settembre dell'anno 887 alla presenza di Carlo III Il Grosso imperatore, del Vescovo di Fermo Theodosio e di altri 19 Vescovi e di 27 canonici. Nel 968 l'imperatore Ottone I scioglie il monastero benedettino dalla dipendenza dal Vescovo di Fermo e lo prende sotto la propria protezione. Grazie alle generose donazioni del potere imperiale l'istituzione monastica si radicò sempre più nel proprio territorio ampliando le sue proprietà agricole e acquisendo un ruolo strategico nel controllo della rete viaria circostante. I documenti che ci consentono di ricostruire la storia più antica dell'Abbazia sono conservati presso l'archivio segreto di Sant'Elpidio a mare. 

Nel 1790 il Vescovo fermano Andrea Minnucci riduce il complesso abbaziale a struttura agricola e ricava dalla chiesa un granaio, soppalcando la navata centrale, un'abitazione nella parte absidale ed una stalla nella navata destra. Dopo oltre due secoli di abbandono e degrado ad usi impropri la struttura basilicale è interessata da un restauro iniziato nel marzo 2006 teso al ripristino della primitiva tipologia e alla conseguente riapertura al pubblico, avvenuta nel 2010.

L'atto di fondazione risale al 24 giugno 883 sopra una preesistente basilica cristiana del V secolo. La prima chiesa fu costruita grazie ai mezzi messi a disposizione dalla munificenza di Carlo III il Grosso : un edificio a tre navate molto semplice con la navata centrale larga il doppio di quelle laterali. Una trasformazione evidente dell'edificio dovrebbe essere avvenuta tra il XI ed il XII secolo, in periodo romanico, con l'allungamento della chiesa per ingrandire e sopraelevare la zona presbiteriale.Nel Settecento, per impulso del cardinale Borgia, arcivescovo di Fermo, furono sopralevate le navate e le absidi, e venne modificata la facciata, rifinita poi con una fascia di archetti più alta delle fasce laterali, e con due volute di raccordo in laterizio di gusto tardo barocco.